Seit dem 1. Juni 2015 bietet biovis als dritte Säule der Stuhldiagnostik eine komplette Mikrobiomanalyse an, welche auf der Sequenzierung isolierter Bakterien-DNA aus Stuhlproben beruht. Die Mikrobiomanalyse beinhaltet über 250 Parameter, von denen besonders relevante ausgewertet und zur Befundung herangezogen werden. Auf der Basis aktueller Forschungsergebnisse erfolgt eine Auswertung und Zusammenstellung geeigneter Therapiemaßnahmen. Seit 2015 ermöglicht biovis als eines der wenigen nicht universitären Labore mit den Profilen Mikrobiomanalyse Basis und Mikrobiomanalyse Plus Aussagen über die Bakterienvielfalt im Darm (Diversität), die einen Schutz vor endogenen Infektionen bietet. Erfasst wird auch der Enterotyp mit den daraus resultierenden Folgen für die Aufnahme von Vitaminen und Mineralien.